معاونت دومین سطح سازمانی در دانشگاه است که انجام بخشی از وظایف مربوط به اهداف آن را بر عهده دارد. برنامه‎ها و فعالیت‎های حوزه معاونت آموزشی و پژوهشی وسیع و در بردارنده نسبت بالایی از محورهای فعالیت دانشگاه میباشد.

مهم ترین فعالیت‏‎های دانشگاه با در نظر گرفتن اهداف آموزشی در حوزه معاونت آموزشی و پژوهشی، صورت می‏‎پذیرد. معاونت آموزشی و پژوهشی دانشگاه امام جواد^(ع)، با پیروی از رویکرد پرورش دانشجویانی که ضمن تسلط بر قلمرو رشته تحصیلی خود، انسان‎هایی متعهد نسبت به جامعه خود و شهروندانی رشید، مؤمن و متخلق باشند، هدف‎ها و برنامه‎های خود را در چارچوب استانداردهای آموزشی تنظیم کرده است.