معاونت دومین سطح سازمانی در دانشگاه است که انجام بخشی از وظایف مربوط به اهداف آن را بر عهده دارد. برنامه‌ها و فعالیت‌های حوزه معاونت آموزشی و پژوهشی وسیع و در بردارنده نسبت بالایی از محورهای فعالیت دانشگاه می‌باشد.

مهم‌ترین فعالیت‌‏‎های دانشگاه با در نظر گرفتن اهداف آموزشی در حوزه معاونت آموزشی و پژوهشی، صورت می‌پذیرد. معاونت آموزشی و پژوهشی دانشگاه امام جواد^(ع)، با پیروی از رویکرد پرورش دانشجویانی که ضمن تسلط بر قلمرو رشته تحصیلی خود، انسان‌هایی متعهد نسبت به جامعه خود و شهروندانی رشید، مؤمن و متخلق باشند، هدف‌‎ها و برنامه‌های خود را در چارچوب استانداردهای آموزشی تنظیم کرده است.