دوره تحصیلات تکمیلی با تلفیق آموزش و پژوهش سعی در افزایش تخصص و کارایی در جهت توسعه تحصیل دانشجویان را دارد. در این مقطع دانشجو باید با انجام تحقیق و آزمایش به گسترش دانش خود بپردازد تا از این طریق کشور به سمت توسعه، رشد اقتصادی و بالندگی سوق پیدا کند. برنامه‌ریزی، اداره و هدایت کلیه امور آموزشی و پژوهشی مربوط به دوره‌های تحصیلات تکمیلی دانشگاه و نظارت بر حسن اجرای مقررات و آئین‌نامه‌های آموزشی، تصمیم‌گیری درباره مسائل مختلف آموزشی، سیاست‌گذاری و اتخاذ تمهیدات لازم در جهت ارتقاء کیفیت آموزشی و پژوهشی، اجرای دوره‌های آموزشی و ارزیابی آنها در دوره‌های تحصیلات تکمیلی بر عهده حوزه تحصیلات تکمیلی دانشگاه است.
گروه تحصیلات تکمیلی دانشگاه امام جواد^(ع) از مهرماه سال ۱۳۹۱ فعالیت خود را با پذیرش دانشجو در رشته مهندسی صنایع گرایش مدیریت سیستم و بهره‌وری و با بهره‌گیری از اساتید مجرب آغاز نموده است و در حال حاضر صرفاً از طریق آزمون کارشناسی ارشد سازمان سنجش در ۱۳ کدرشته اقدام به پذیرش دانشجو می‌نماید.